Croatia Airlines è stata fondata nel 1989 con il nome di Zagabria Airlines, che poi è stato cambiato a quello attuale nel 1990. Si è contraddistinta inizilmente come una soluzione per il trasporto di merci per UPS ed è diventata una compagnia aerea per passeggeri nel 1991, dopo la firma di un contratto con Adria Airways.
La sua base operativa si trova a Buzin, a Zagabria. Dal 2013 collabora con United Airlines, compagnia che le ha assegnato il suo codice internazionale per le rotte che vanno da Amsterdam, Bruxelles, Parigi, Francoforte, Londra, Monaco di Baviera e Zurigo a Zagabria, e da Francoforte e Monaco di Baviera a Spalato e Dubrovnik.
Croatia Airlines è inoltre membro della Star Alliance insieme ad altre aziende come Aegean Airlines. A sua volta, possiede due compagnie aeree che completano i suoi voli in Croazia: Obzor Holidays e Amadeus Croazia
Croatia Airlines ha una flotta di 12 aeromobili: 2 Airbus 320 capaci di trasportare fino a 174 passeggeri, 4 Airbus 319 per 144 passeggeri e 6 Dash 8-Q400 per 76 passeggeri. Acquistare voli economici con Croatia Airlines consente di accumulare miglia e ottenere così alcuni sconti. Questo programma si chiama Miles and More ed è stato sviluppato in collaborazione con Lufthansa .